Mit den Planungen für den Depot- und Werkstattneubau ("Standortentwicklungskonzept") in der Schweriner Johannes-Stelling-Straße ist eine geordnete und sachgerechte Unterbringung der archäologischen Fundbestände absehbar. Die zahlreichen provisorischen Depots, die nach 1992 notgedrungen zur Unterbringung der archäologischen Funde angelegt werden mussten, werden schrittweise aufgelöst, die Bestände in einem Zwischendepot in Schwerin-Süd zusammengeführt und dort für die Magazinierung im Neubau aufgearbeitet. Dazu gehören auch die wissenschaftliche Erschließung der Bestände und die erstmalige Erfassung aller Funde in einer Datenbank.

Der Neubau wird mehrere Klimazonen enthalten, die den konservatorischen Anforderungen der unterschiedlichen Materialien Rechnung tragen. Während Metallfunde ein konstant trockenes Klima benötigen, ist für Funde aus organischen Materialien ein etwas feuchteres Klima erforderlich. Die kritische Marke von 60 % Luftfeuchtigkeit darf jedoch in keinem Fall überschritten werden, auch nicht für die ansonsten relativ unempfindlichen Objekte aus Stein und Keramik, weil oberhalb dieser Schwelle die Gefahr der Schimmelbildung stark ansteigt.

Die Aufstellung der Funde im Neubau wird fortlaufend ohne Lücken erfolgen, um den verfügbaren Platz bestmöglich auszunutzen. Der Standort der Funde lässt sich gleichwohl mit Hilfe der elektronischen Standortverwaltung jederzeit exakt bestimmen.

Der Neubau wird erstmals auch die sachgerechte Lagerung großer Holzobjekte ermöglichen. Aufgrund seiner geographischen Lage – rund 30 % der Landesfläche sind Küsten- und Binnengewässer – verfügt Mecklenburg-Vorpommern über einen besonders hohen Anteil solcher Funde, vor allem Teile von Holzschiffen aus der Zeit vom 10. bis zum 18. Jahrhundert. Sie stellen eine einzigartige Informationsquelle zur Schifffahrt des Mittelalters und der frühen Neuzeit dar. Aber auch der der feuchte Untergrund der Hansestädte und einiger Städte im Binnenland hat die Erhaltung großer Holzobjekte bewirkt. Außer Schiffsteilen sind hier Bauhölzer, Brunnen und Fässer zu nennen, die einen besonderen geschichtlichen Aussagewert und in vielen Fällen auch eine besondere Qualität als potentielle Ausstellungsstücke haben.